Mykolo Romerio universiteto mokslininkai ir tyrėjai vykdo socialinių ir humanitarinių mokslų disciplininius ir tarpdisciplinius, fundamentinius ir taikomuosius mokslinius tyrimus. 

Mokslo programos:

• Socialinių mokslų srities Edukologijos mokslo programa
• Humanitarinių mokslų srities Filologijos krypties mokslo programa
• Socialinių mokslų srities Komunikacijos ir informacijos krypties mokslo programa
• Socialinių mokslų srities Psichologijos krypties mokslo programa
• Socialinių mokslų srities Sociologijos krypties mokslo programa
• Socialinių mokslų srities Teisės krypties mokslo programa: Teisės viršenybė, tvarumas ir technologijos
• Socialinių mokslų srities Vadybos, ekonomikos, politikos mokslų krypčių mokslo programa: Atsparumo, tvarumo ir pažangos perspektyvos  

Europos Komisijos finansuoto „Erasmus+“ projekto „Socialinių inovacijų kultūros kūrimas aukštajame moksle“ (angl. Building the Culture of Social Innovation in Higher Education) tyrimo rezultatai parodė, kad Mykolo Romerio universitetas užima lyderio pozicijas kuriant, įgyvendinant ir palaikant socialines inovacijas Centrinėje ir Rytų Europoje. Tyrimą įgyvendino Jungtinės Karalystės Northamptono universiteto, Islandijos universiteto, Lenkijos Collegium Civitas universiteto ir asociacijos „Ashoka“ mokslininkai ir tyrėjai.

Mykolo Romerio universiteto Mokslinės veiklos reglamentas